Das Herzstück der Stiftsbibliothek St. Gallen ist der einzigartige Bestand an Handschriften. Nicht nur ihre Zahl ist beeindruckend, sondern vor allem die Einheitlichkeit und Geschlossenheit der Sammlung. So lässt sich aus heutiger Sicht das geistige und kulturelle Leben des Klosters vom Frühmittelalter bis 1805 (Aufhebung der Mönchsgemeinschaft) rekonstruieren. Wichtige ergänzende Hinweise geben die ebenfalls in einzigartiger Vollständigkeit erhaltenen Urkunden und Verwaltungsdokumente des Stiftsarchivs.
Erste Spuren einer eigenen St.Galler "Handschriftenproduktion" finden sich ab der Mitte des 8. Jahrhunderts, in der Zeit des Gründerabts Otmar und seines Nachfolgers Johannes (719-759 bzw. 759-782). Vom 8. bis 11. Jahrhundert gehörte die Benediktinerabtei St.Gallen zu den wichtigsten kulturellen Zentren Europas. Schöpferische Mönche - Buchmaler wie Wolfcoz und Folchart, Dichter, Gelehrte und Künstler wie Notker der Stammler, Tuotilo oder Notker der Deutsche - gingen in die europäische Kulturgeschichte ein.
Der Handschriftenbestand ist heute der Forschung zugänglich, ein Teil davon wird in jährlichen Ausstellungen, unter einem thematischen Schwerpunkt, dem interessierten Publikum im Barocksaal präsentiert.
Die gut 2100 Handschriften sind thematisch in Gruppen geordnet. Die fortlaufenden Signaturen fassen nach diesem Prinzip die Bücher zusammen. Die Schwäche dieses Systems wird an den in jüngerer Zeit hinzugekommenen Handschriften ab Signatur Codex 1094 offensichtlich, indem diese nicht mehr thematisch geordnet "zwischen" die älteren Bestände eingegliedert werden können.
| Handschriften Nr. |
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| 1 - 84 |
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Bibelhandschriften |
| 85 - 337 |
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Kirchenväter und Kirchenschriftsteller |
| 337b - 546 |
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Liturgische Handschriften und Andachtsbücher |
| 547 - 669 |
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Heiligenleben, Profangeschichte, Geographie
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| 670 - 749 |
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Kanonisches, römisches und germanisches Recht
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| 750 - 762 |
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Medizin |
| 763 - 815 |
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Dogmatische und aszetische Literatur |
| 816 - 849 |
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Philosophie und Mathematik |
| 850 - 913 |
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Römische Klassiker, Scholiasten und Grammatiker, lateinische und
deutsche Wörterbücher und Literatur |
| 914 - 925 |
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Ordensregeln |
| 936 - 1014 |
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Aszetik |
| 1015 - 1081 |
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Predigten, Erbauungsliteratur |
| 1082 - 1093 |
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"Altertümer", Wappenbücher |
| 1094 - 1725 |
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ohne inhaltliche Ordnung, Bücher des 15.-18. Jahrhunderts |
| 1716 - 1984 |
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Supplementbestand; Erwerbungen 1875-1980 |
| 1985 - 2092 |
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hauptsächlich Gebets- und Andachtsliteratur des 18. und 19. Jahrhunderts |
| 2093 - 2112 |
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Diverse; Erwerbungen und Schenkungen |